O Departamento de Vigilância em Saúde é responsável pela gestão das ações de prevenção das doenças transmissíveis e das não transmissíveis, ações de promoção à saúde, de vigilância sanitária e zoossanitária, sendo que para tal, possui divisões responsáveis:
Divisão Técnica de Vigilância Sanitária (DTVS),
Divisão Técnica do Centro de Controle de Zoonoses (DTCCZ),
Divisão Técnica do Laboratório de Saúde Pública (DTLSP),
Divisão Técnica de Epidemiologia e Controle de Doenças (DTECD)
Divisão Técnica de Verificação de Óbitos (STVO)
Divisão Técnica do Centro e Referência se Saúde do Trabalhador (DTCEREST).